Compositor, director de orquesta, violinista y  pianista. Fue uno de los músicos argentinos de mayor prestigio de la primera mitad del siglo. Su talento y profesionalidad le permitieron ocupar el podio de las principales orquestas del mundo y despertar, con sus creaciones, la admiración de figuras de la talla de Stravinsky y Honegger, entre muchas otras. Su formación, llevada a cabo en Buenos Aires y en Europa, lo guió por el camino del nacionalismo de tipo romántico y las tendencias propias de la Schola Cantorum parisina. Pero en 1929, junto a su hermano mayor José María (1892-1964), Juan Carlos Paz, Gilardo Gilardi y Jacobo Ficher, creó el Grupo Renovación y con ello se abría paso hacia expresiones de vanguardia desconocidas por esa época en la Argentina.

Su hermano menor, Washington Castro (1909), manifestó con claridad que "era inevitable que se convirtiera en músico", pues fue el segundo hijo varón de una notable familia dedicada a esa disciplina por iniciativa paterna.
Su progenitor ocupaba el puesto de violoncelista en las orquestas de los teatros Colón y Opera, e intervenía del mismo modo en los conjuntos que acompañaban, por ejemplo, a Lola Membrives cuando actuaba como cupletera. Como era un compañero casi inseparable de sus hijos, resulta obvio que reconociera y fomentara el talento particular de cada uno de ellos. Según Raquel Aguirre de Castro (1909), segunda esposa del compositor, "apenas Juan José cumplió doce años, su padre empezó a llevarlo al teatro para que se acostumbrara a ese ambiente"Dentro de dicho marco sinfónico - popular iluminado por los reflectores de las grandes salas de teatro, Juan José encontró el estímulo para iniciar sus estudios regulares junto a Manuel Posadas (violín), Eduardo Fornarini y Constantino Gaito (composición). 
Su carrera fue rápidamente en ascenso. Ya en 1914 la Sociedad Argentina de Música de Cámara le había estrenado su Sonata para violín y piano (1914) y en 1917 la Asociación Wagneriana su Pieza sinfónica para violín, clarinete y piano (1916). En 1916 se había hecho acreedor al Gran Premio Europa, instituido por el Congreso de la Nación (1896) para el perfeccionamiento de estudios musicales. Pero como este premio nunca llegó a hacerse efectivo, en 1920 viajó por sus propios medios a París para cursar composición con Vincent D'Indy y piano con Eduardo Risler.

Habiendo ingresado en la Schola Cantorum sin el apoyo económico que le correspondía por la beca, debió ganarse la vida dirigiendo la orquesta de un café o acompañando al piano en un restaurante a Etchecopar, músico que a su vez completaba con dicho ingreso su sueldo de primer violín de la Orquesta Pasdeloup.
Eran tiempos en los que alternaba su responsabilidad de ganarse un sueldo, con la de ejecutar junto a Risler la versión para dos pianos del Concierto op 79 de Weber (1921) o la de realizar giras de conciertos como la que llevó a cabo por España acompañando al violinista Manuel Quiroga (1924). 
Sus obras fueron estrenadas en Europa por intérpretes de la talla de Ricardo Viñes, entre otros. Y aunque Castro permaneció en Francia hasta 1925, nunca perdió contacto con la Argentina, en donde se sabía de su progreso especialmente a través de partituras tales como la del Poema Sinfónico En el jardín de los muertos (París, 1923), que obtuvo el Premio de la Asociación del Profesorado Orquestal (APO), en 1924.

Cuando regresó a Buenos Aires, fundó la Sociedad del Cuarteto (1925) y la Orquesta de Cámara Renacimiento (1928). Ocupó el podio de las orquestas Estable del Teatro Colón (1929-1943), Filarmónica de la APO (1930-1931), Asociación Sinfónica (1931), Asociación Filarmónica (1939-1948), entre muchas otras. Pero de todas las iniciativas en las que participó durante este período, la que mayor repercusión histórica alcanzó dentro de su país fue, sin lugar a dudas, la creación del Grupo Renovación (1929). Este hecho marcó un hito particular porque cambió el rumbo planteado por el bloque numeroso y compacto de la generación anterior a la de Juan José Castro. La de sus maestros, nacidos en la década del '80, que habían dominando durante un cuarto de siglo el movimiento de su arte en todos los campos sobre la base de las enseñanzas de la Schola Cantorum parisina, la impronta de Debussy, el elemento formal germánico o el influjo operístico italiano (Puccini principalmente). Técnicas que trataron de amalgamar con un nacionalismo ideológicamente fuerte, que alcanzó manifestaciones musicales de singular relevancia. 
Castro compartió con el Grupo Renovación la necesidad de abrirse hacia una nueva tendencia, hacia una línea distinta que quiso oponerse, en cierta manera, a aquello con lo cual convivía y que había heredado. Su generación, la del '90, conformó un grupo heterogéneo que halló sus puntos de referencia en Stravinsky, Ravel, Honegger, Schoenberg y Bartok.

A la muerte de Aguirre (1868-1924) la Escuela Argentina de Música, que fundara el destacado compositor en 1916, quedó en manos de sus herederos. Se necesitaba un músico que la llevara adelante. Ernesto Ansermet les recomendó a "un muchacho de mucho porvenir", que por supuesto era Juan José Castro. Pero esos era tiempos difíciles. El joven artista se enfrentaba a una situación inusual para su época: la separación de su primera esposa con la cual tenía dos hijos, Delia y Roberto, que se destacaron luego como pianistas.

Este hecho no resulta anecdótico en lo que hace a la vida profesional de Castro, ya que al hacerse cargo de la Escuela Argentina conoce a Raquel, hija de Julián Aguirre, a la que todos llamamos Raca. En ella Juan José Castro encontró no sólo el amor de una esposa sino también la comprensión y el sostén que necesitaba para su labor artística. Raca Castro (1909) es hasta hoy su mayor difusora aún en foros internacionales. Por ello y por el apoyo que brindó también a muchas de las figuras que estuvieron vinculadas a su marido, como por ejemplo Manuel De Falla, obtuvo reconocimientos como el que le otorgó el gobierno español, en 1993, al condecorarla con la Cruz de Oficial de la Orden de Isabel la Católica.
Director General del Teatro Colón (1933-1943), Juan José Castro nombró a la escritora Victoria Ocampo, a Alberto Prebisch y al pianista Rafael González para que lo secundaran en su gestión. Pero estas personalidades duraron poco en sus cargos, dado los cambios políticos que se estaban produciendo en la Argentina. 

"A Juan José Castro se lo admiraba, se lo estimaba y se lo quería. Ya es mucho que un ser nos inspire uno de estos tres sentimientos. Los tres a la vez es inusitado. Sé de muy pocos hombres que, por vivir a cierto nivel, por mantenerse porfiadamente en él, esfuerzo nada fácil, merecen inspirarlos" (Victoria Ocampo).

En 1943 Castro firmó una solicitada con otros intelectuales, científicos y artistas en favor de la democracia y en contra del gobierno de turno. De inmediato le cancelaron todos sus contratos en el Colón y también el nombramiento de Director. Posteriormente su oposición al presidente Perón le valió ser marginado. Los músicos temían integrar las orquestas que él dirigía o ejecutar obras suyas.

En 1947, a propuesta de Erich Kleiber, obtuvo la designación de director estable de la Orquesta Filarmónica de La Habana. Un año más tarde, la de director titular de la orquesta del Servicio Oriental de Radiodifusión Eléctrica (SODRE) del Uruguay, conservándose las grabaciones realizadas por el sello Testimonios (Nº 4) de los conciertos realizados el 20 de mayo y 24 de junio de 1950. Luego de tres años de residencia en ese país, comenzó la etapa europea y australiana de Castro. Así estuvo al frente de la Victorian Orchestra de Melbourne (1952-1954) y de las giras con epicentro en Roma. En el transcurso de este período entabló amistad con Igor Stravinsky, Arthur Rubinstein y Manuel de Falla, entre muchos otros. Ernest Ansermet, que lo conocía desde hacía muchos años, afirmaba: "Lo que da, para mi, especial valor a la personalidad de Juan José Castro es que en él, el hombre y el músico van a la par".

De regreso a su país (1955) obtuvo la designación de director titular de la Orquesta Sinfónica Nacional (1956-1960). Compatibilizó esta labor con la de Decano de Estudios del Conservatorio (1959) y director de la Orquesta Sinfónica de Puerto Rico (1958-1964). Asimismo se fueron sucediendo los estrenos argentinos de sus obras más importantes: Bodas de sangre, La zapatera prodigiosa y Proserpina y el extranjero. 

Para Juan José Castro "trabajar por la música es hacer obra útil". Esto no sólo se manifestó en su actividad pública sino también en la de creador. Su producción comprende desde las obras destinadas al género lírico, al ballet, a la música incidental para el teatro y el cine, hasta la orquesta (sola, con solistas y/o coro), los conjuntos de cámara, las canciones y las partituras para instrumentos solistas (piano, bandoneón). En la misma se pueden distinguir varias tendencias: 1) la argentinista, como en las Canciones cordobesas, la Sinfonía argentina y la de los Campos, la Cantata Martín Fierro, etc.; 2) la de inspiración hispánica, como las obras con texto de García Lorca (Romance de la pena negra), la Sonatina española, De tierra gallega y otras. 3) la universal, próxima a los lineamientos trazados por la Escuela de Viena, como por ejemplo Epitafio en ritmos y sonidos, Adiós a Villa - Lobos, Concierto para violín, Suite introspectiva.